建厂时，配套建设除臭装置或采取除臭措施：近年来，随着环境污染治理逐渐完善，臭气污染投诉越来越多。国家对挥发性有机物的污染问题越来越关注，在工厂设施建设时，同时建立适当规模的除臭装置是防止空气污染和减少与周边居民发生纠纷的根本。如果无视除臭对策，等与周边居民发生了纠纷或被环境部门批评后再进行建设，那时所花的费用将更多。 
目前，消除臭气的方法有很多种，如水洗法、化处理法、燃烧法、吸附法、空气稀释法、掩蔽法、臭氧氧化法、等离子体以及生物除臭法等。 

堆肥过程中臭气产生阶段：主要产生于发酵的 初阶段，由于易分解有机物质的快速降解消耗大量氧气，从而造成局部缺氧而产生小分子有机物质和硫化氢等。此时，由于pH较低不易产生氨挥发，大约1-2周后，随着堆肥pH值升高而出现大量氨挥发。此时，堆肥已逐步完成堆肥一次发酵。

 
堆肥过程中臭气抑制与消除：通过调节材料的通气性、增加通风量和添加吸附材料等均可在一定程度上抑制臭气的产生。但是，由于发酵材料数量大、臭气产生集中和场地相对封闭等原因，致使发酵场地内臭气浓度极高，有时场地内氨浓度高达300mg/L以上。这也造成了大量养分的损失。需要采取措施收集和处理。 


生产有机肥的厂家可以配个除臭系统 除臭系统的接口主要和外部的烘干机连着，除臭系统主要有喷淋塔（主要作用是防扬尘）、弯头、引风机/水泵等组成。

研究结果显示，后腐熟阶段除臭效果 的是牛粪堆肥，其次为猪粪， 差。此法因不需建设专门的除臭装置，节省土地和设备投资的优势，已成为是一种非常有前途的除臭方法。